在补充表2中列出了本研究中使用的细菌菌株 。除非另有说明，否则在25°C ，30°C和37°C下
，通常生长在25°C，37°C下 ，在溶作氏菌（LB）（LB）中
，分别在25°C和37°C下生长在溶作氏菌（LB）的180°C或37°C下，通常生长在LBAR（LB）的180°C ，分别生长在LBAR（LB）的180°C
，分别生长
。包含1.5％（w/v）琼脂。如果适用，则以以下浓度添加抗生素和补充剂：氨苄青霉素 ，100 µg mL -1；氯霉素（CM），25 µg ml -1;卡纳米霉素
，50 µg ml -1;庆大霉素，铜绿假单胞菌为50 µg ml -1 ，大肠杆菌为15 µg ml -1；四环素（TC）
，5 µg ml -1;5-氨基乙烯酸（ALA），50 µg ml-1;异丙基β-d-1-硫代乙型丙糖苷（IPTG） ，白疟原虫100 µm或PAO1的1 mm；- 阿拉伯糖（ARA）
，0.3％（w/v） 。使用Jenway 6300分光光度计测量细菌生长为600 nm（OD600）的光密度
。 　　这项研究中使用的噬菌体在补充表2中列出。简而言之，将2 ml的隔夜宿主培养物在250 mL烧瓶中接种到50 mL lb中 ，并孵育30分钟 。然后将100 µL的噬菌体裂解物添加到培养物中并孵育过夜
。进行离心步骤（在4°C下为3,220g 20分钟）
，将病毒体与细胞碎屑分开。将上清液放在无菌的通用容器中以存放，并添加几滴NACO3饱和氯仿 ，然后彻底涡旋混合物以裂解任何其余的细胞 。最后
，通过将噬菌体缓冲液中噬菌体储备的20μl连续稀释液（10 mM Tris-HCl，pH 7.4 ，10 mm MgSO4，0.01％（w/v）明胶）移到LBA覆盖层（0.35％W/V）带有100μL宿主培养物的播种的噬菌体（0.35％W/V）上
，确定了噬菌体滴度。在孵育过夜后计数斑块，噬菌体滴度为PFU每毫升
。PSEUDOMONAS噬菌体DMS3M和JBD30在PA14ΔCrispr ，野生型PAO1或PASMCΔCAS3上传播。噬菌体噬菌体φTe在野生型P. trosepticum上传播 。假单胞菌噬菌体在4°C的SM缓冲液（50 mM Tris-HCl
，pH 7.5，100 mm NaCl ，8 mm Mg2SO4）中存储在氯仿上
。噬菌体噬菌体φTE在4°C的噬菌体缓冲液中储存在氯仿上。 　　在补充表3中列出了本研究中使用的寡核苷酸 。聚合酶
，限制酶，吉布森组装混合物 ，用户酶和T4连接酶是从新英格兰Biolabs或Thermo Fisher Scientific获得的
。使用Illarta GFX PCR DNA和凝胶带纯化试剂盒（GE Healthcare）或Qiaex II凝胶提取试剂盒（Qiagen）纯化PCR和琼脂糖凝胶的DNA。使用标准技术进行了限制消化
，绑扎和大肠杆菌转化 。使用Zyppy质粒微型套件（Zymo Research）或QIAPREP Spin Miniprep Kit（Qiagen）从过夜培养物中提取质粒DNA，并通过DNA测序确认
。补充表4列出了质粒及其构造细节。通过使用标准技术 ，通过电穿孔将质粒引入了藻类假单胞菌和铜绿假单胞菌菌株中 。 　　根据模型系统中相关的CRISPR重复序列的序列和次级RNA结构的相似性（MAFFT比对
，FastTree，近似最大的可能性系统发育树；扩展数据图9A和10A – C）选择候选RACR ，并在250 bp upstream the Crapral trediation trediation trediactiation trediaction trediation trediactiation prartiactional（bppr）序列（启动子序列）（启动子）中的存在（扩展数据图9A和10A-C）（使用BPR）（启动子）的存在（将RACR候选物合成为基因片段，包括在预测的转录起始位点（TSS）的预测野生型启动子或PBAD或PBAD（ARA诱导）控制下的侧翼区域（Twist Biosciences）
。用不匹配的引物和重叠PCR将RACRIF1变体通过PCR克隆。对于变体3
，引入了针对与CAS6F无关的处理50,51的锤头核酶 。然后将RACRIF1在Biobrick构成强度（BBA_J23112，BBA_J23110和BBA_J23100）下游的下游克隆 ，以评估剂量响应能力。补充表1列出了有关候选RACR的详细信息
。 　　对于图1D和扩展数据图中的实验。2b,d and 4c,d,f, RacrIF1 and its variants, canonical and hybrid crRNAs and the isolated RacrIF1 repeat, were expressed in P. atrosepticum from a plasmid with a p15A origin of replication (copy number of around 10) either under the control of its wild-type promoter (NC_018012.1:4,787,341–4,787,695 bp）或PBAD启动子的下游预测的TSS（NC_018012.1：4,787,535–4,787,695 bp）（扩展数据图1F） 。对于在扩展数据中显示的滴定图4C
，D，RACRIF1（NC_018012.1：4,787,535–4,787,695 bp）在不同的ARA浓度下从PBAD启动子或BioBrick组成型启动子中表达
。对于图3F ，G所示的实验
，在PAO1或PA14中测试的RACR候选物是从Escherichia – Pseudomonas（Cole1-Pro1600）Shuttle shuttle vector pherd30t表达的，其PBAD启动子下游的TSS SSS。RACRIF1（扩展数据中的实验图1E）和RACRIC1（图3E和扩展数据中的实验图9b中的实验）与5'种族测定的预测野生型启动子一起克隆 。在假单胞菌菌株中 ，Pherd30t从铜绿假单胞菌质粒Pro1600 Oriv和复制蛋白（拷贝数约为13）52,53复制
。 　　携带噬菌体靶向间隔物（+CRISPR）或非靶向控制（ - crispr）的宿主的一式三份培养物
，并包含表达候选RACR或空矢量控制（EV）的质粒，在5 ml LB中与适当的适当抗生素和诱导者补充了一夜之间。对于假单胞菌 ，将含有100μl隔夜培养物的软LBA覆盖层（0.35％w/v）倒在补充了相应的抗生素和诱导剂的LBA板上 。对于PA14
，PASMC和PAO1，将含有150μl隔夜培养物的软LBA覆盖（0.5％w/v）倒入补充了10 mM MGSO4的LBA板上 ，并补充了10 mM MGSO4和相应的抗生素和诱导剂
。通过将2.5μl（或5μl的5μl）在噬菌体缓冲液中的噬菌体量（约1010 pfu）的连续稀释液（φTE）滴入琼脂覆盖层的噬菌体稀释液，并将板孵育过夜
，确定噬菌体滴度。在孵育过夜后计数斑块，噬菌体滴度为PFU每毫升 。当斑块太小而无法计数时 ，在没有可见斑块的第一个稀释度中计数一个斑块
。I型I-F RACR候选物在载有构图质粒PPF1423的Atrosepticum PCF610中进行了测试（用于图1D
，3G和扩展数据图2B和4D）和P. atosepticum Pcf188（用于扩展数据中的Ass.2d和4cfage。2d和4c f）噬菌体DMS3M 。在PASMC，PAO1 :: MBCPF1 :: CRRNA24（PAO1 :: V-A）中的V-A型RACR中测试了I-E类RACR候选者 ，并在PAO1中用I-C CRISPR – CAS系统（PAO1 :: i-c）标记的PAO1中的I-C RACRS（所有这些都感染了Phage JBD30）。相应的非靶向（ - crispr）对照菌株是P. aTrosepticum pcf610
，具有非靶向质粒PPF975或野生型P. Atrosepticum，PASCMΔCAS3和野生型PAO1
。 　　对于图1E所示的实验 ，以与先前描述的54相似的方式评估了共轭效率。大肠杆菌ST18是未靶向对照（–crispr
，ppf953）和I型I-F（+CRISPR，PPF954）靶向质粒的供体 。质粒PPF954包含一个由CRISPR1（I型F）和规范GG PAM的垫片1靶向的蛋黄
。接受者是野生型假单胞菌 ，其具有来自PBAD启动子（+RACRIF1
，PPF2846）的质粒表达RACRIF1或空载体控制（–racr1f1，ppf781）。菌株在5 ml lb中添加一式三份生长 ，并补充了接受者的CM和ARA，或补充TC和ALA的5 ml lb
，用于供体菌株 。将一毫升的过夜培养物颗粒颗粒，并用含有ALA的LB洗涤两次 ，以去除抗生素
。将沉淀重悬于补充ALA和ARA的0.5 ml lb中
，将OD600调节至1。供体和接受者以1：1的比例混合，并在补充ALA和ARA的LBA上发现10μL ，并在25°C孵育24小时 。接下来
，用无菌环将配合点刮掉，并重悬于0.5 mL PBS中 ，将稀释系列铺在补充CM和ARA的LB上
，以进行受体计数，或者添加TC以选择跨性别界数
。共轭效率计算为每个受体细胞的跨结合物的比率。 　　为了共表达和纯化CAS6F和RNA变体 ，质粒PPF2644（His6 – Cas6f和I型I-F CRRNA重复–Spacer – Repeat）
，PPF2868（His6-Cas6F和RACRIF1），PPF2869（his6 – cas6f and raCrif1）（His6 – cas6f and rACRIF）（His6 – cas6f and rACARIF和RACRIF1-PP2640）单独）转化为大肠杆菌洛布斯特细胞 。过夜培养物用于在2 L的烧瓶中接种500 ml lb加kanamycin ，并在37°C下孵育，并在180 rpm中孵育至0.2-0.3的OD600
，然后在18°C和180 rpm中孵育至OD600 0.600
。用1 mM IPTG诱导表达，并在18°C和180 rpm处表达蛋白20小时。Cells were collected at 10,000g for 10 min at 4 °C, and the pellet was resuspended in 10 ml g−1 (wet-cell mass) lysis buffer (50 mM HEPES-NaOH, pH 7.5, 300 mM KCl, 5% (v/v) glycerol, 1 mM dithiothreitol (DTT) and 10 mM imidazole) supplemented with 0.02 mg ml−1 DNaseI ，一片完整的无EDTA蛋白酶抑制剂（Roche）
，0.67 mg ML-1溶菌酶和0.1 mM苯基甲基磺酰氟氟化物 。通过超声处理裂解细胞，并在4°C下以15,000g离心15分钟来阐明裂解物。使用裂解缓冲液平衡的1 ml Histrap™FF（Cytiva）柱对清除的裂解物进行亲和力纯化 ，并使用针对洗脱缓冲液（含有500 mM咪唑的裂解缓冲液）洗脱了
。使用10 kDa标称分子重量限制Amicon Ultra-4离心滤器单元（amicon）进行洗脱级分并浓缩
，并加载到SEPERDEX 75增加10/300 GL（GE Healthcare）柱中，在SEC缓冲液中平衡（20 mm Hepes-NaOH ，pH 7.5
，pH 7.5，100 mm kcl ，100 mm kcl
，1 g/v/v/v）。使用Nanodrop One分光光度计（Thermo Fisher）和量子蛋白测定试剂盒（Invitrogen）确定蛋白质浓度 。蛋白质的等分试样存储在-80°C下
。将蛋白质样品分离在SDS-PAGE凝胶（螺栓4至12％，BIS-Tris ，1,0 mm（Invitrogen））上，并用Coomassie Blue染色。 　　For expression and purification of the type I-F Cascade shown in Fig. 2b, plasmids pPF1635 (Cas8f–Cas5f–Cas7f) and pPF2644 (His6–Cas6f and type I-F crRNA repeat–spacer–repeat) or pPF2868 (His6–Cas6f and RacrIF1) were co-transformed into E. coli LOBSTR cells.如上所述对蛋白进行表达和纯化：裂解缓冲液含有15 mM咪唑
，汇集洗脱部分并使用30 kDa的标称分子重量限制Amicon Ultra-4中心滤清器滤清器单位（amicon）和浓缩样品浓缩到Hiload 16/600超级Dex 200 peharnc（gee）（Geirer）（gee） 。 　　For the experiment shown in Fig. 2c, the different RNA variants were isolated from the purified His6–Cas6f or type I-F complex by phenol–chloroform extraction, ethanol precipitation and resolved on a denaturing gel containing 15% (v/v) 19:1 polyacrylamide, 7 M urea and 0.5× TBE (45 mM Tris, 45 mM Boric acid, pH 8.3, 1 mMEDTA）（NOVEX）
。用Odyssey FC成像系统（LICOR）将凝胶用SYBR金（Invitrogen）染色（Invitrogen）。对于仅具有纯化His6 -CAS6F的样品，在RNA分离之前将蛋白质的量进行标准化 。 　　对于图1b ，c和扩展数据中所示的实验图
。将隔夜培养物从0.05的起始OD600的250 mL烧瓶中补充25 ml lb
，并在监测培养培养物生长的同时孵育15小时至固定相（OD600）。接下来，将每种培养物的1毫升（一式三份）以13,000克离心1分钟 。将上清液丢弃 ，并将沉淀重悬于1 mL rnalater稳定溶液（Invitrogen）中
，并存储在-20°C下
。根据制造商的说明，使用miRVANA miRNA隔离试剂盒提取小的RNA分数（小于200 nt）。根据制造商的说明 ，通过用涡轮增压酶（Thermo Fisher）处理去除残留的基因组DNA
，并通过PCR确认缺乏GDNA 。使用Nanodrop One分光光度计（Thermo Fisher），乘量子RNA高灵敏度（Invitrogen）和带有RNA纳米芯片的Agilent 2100 Bioanalyzer系统确定RNA纯度 ，完整性和浓度。通过Vertis Biotechnologie（Freising）进行了小RNA样品的库制备和测序
。简而言之
，首先用T4多核苷酸激酶处理小的RNA样品。然后将寡核苷酸衔接子连接到RNA样品的5'和3'末端 。使用M-MLV逆转录酶以3'衔接子作为引物进行第一链cDNA合成
。使用高保真DNA聚合酶用PCR扩增所得的cDNA。使用Agencourt Ampure XP试剂盒（Beckman Coulter基因组学）纯化cDNA，并通过毛细管电泳分析 。对于Illumina NextSeq测序 ， 将cDNA以大约等摩尔量合并
。使用Agencourt Ampure XP试剂盒（Beckman Coulter基因组学）纯化cDNA池，并通过毛细管电泳分析。设计用于PCR扩增的引物设计用于根据Illumina的说明进行TRUSEQ测序 。NGS库（六个样本）在Illumina NextSeq 500系统上进行了单读测序
，使用75 bp的读取长度在10.2-1150万个读取深度，并以FastQ格式返回为序列
。 　　最初通过使用Trimmomatic55删除适配器和低质量读取来处理以FASTQ格式生成的读取。使用FASTQC V.0.11.9（参考56）处理的读数评估读取质量 ，使用Bowtie 2（参考文献57）与局部参数和使用Samtools V.1.1.1.1.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16.16. ref 。对齐对齐
，并使用Geneious Prime 2022.1.1（DotMatics）生成最终图像
。 　　图1A，B和扩展数据图中的RNA结构。使用RNAfold Web Server59 v.2.4.9预测1B ，2A
，C，3D ，4E
，9A和10，并通过RNA2Drawer60 v.6.3和Adobe Illustrator V.27进行可视化 。 　　为了识别编码RACRIF1的mRNA的5'端（在扩展数据中显示的实验图1E和3A）或RACRIC1（图3E和扩展数据中所示的实验图9b ，c）
，使用5'种族用于使用来自Neb的模板切换enzyme识别RNA转录的5'端。简而言之，从一夜之间的一式三份中提取RNA（对于RACRIF1 ，携带空矢量控制（PPF781）或表达RACRIF1表达质粒的PCF610（PPF2845）（PPF2845）；对于RACRIC1，POA11 ::：携带质量在plasmid下表达质量的plssiq proceq Quilt probsiq probsiq proir-try-type1 prossiq proce1 proce1 proce1 proce1 promipe1 promiper（PSC）（PSC）（PSC）（PSC）（PSC）（PSC）（PSC）（PSC）（PSC）（PSC）（PSC）（PSC）（PSC）
。总RNA库试剂盒（Zymo Research）。之后
，使用模板交换反向转录反应来生成具有通用序列（由模板切换寡核苷酸引入的）连接到cDNA的3'端（转录本的5'末端）（NEB）的cDNA（NEB） 。放置了序列特异性的反转录引物，以便它在相应的RACR或CRRNA序列中结合
。在第二步中 ，通过PCR扩增的引物分别通过RACR加工位点和模板切换寡核苷酸结合的引物来鉴定转录本的5'端。补充表3列出了所使用的寡核苷酸 。在凝胶上可视化PCR产品并清理
。对于野生型启动子表达下的RACRIF1
，在凝胶上可视化5'种族产品的大小，并在片段分析仪上进行分析（在扩展数据图1D中显示的实验） ，而Racric1的5'种族产品在凝胶上可视化
，并在Sanger测序上进行了确认（用于sanger sequinence）（用于确认的实验）。还进行了5'种族以确认通过酚/氯仿提取和从纯化的I型I-F型复合物中分离出的RNA物种的身份（图2C） 。PCR产品与DreamTAQ聚合酶（Thermo Fisher）和DATP一起A尾，并将其克隆到PGEM-T Easy Vector（Promega）中
。从单个菌落中分离出质粒 ，并测序Sanger（扩展数据图3B
，C）。 　　如图61所述，进行了图2E和扩展数据中所示的CRISPR适应测定法 。A naive plasmid control (no matching protospacer, pPF953) and strong (AG PAM variant, pPF959) and medium (GT PAM variant, pPF967) priming-inducing plasmids were conjugated as described above (without Ara) into wild-type P. atrosepticum containing either a plasmid expressing RacrIF1 from the PBAD promoter（PPF2846）或空矢量控制（PPF781）
。启动诱导的质粒逃脱了靶标 ，从i-f型的i-f CRISPR – CAS系统中进行了靶向（扩展数据图6a）。质粒的菌株在补充CM和TC的5 ml lb中三次生长24小时 。然后使用这些“第0天 ”培养物接种（1：500稀释）5 ml补充了CM
，IPTG和ARA（不选择TC选择）的新鲜LB，并在相同条件下孵育。重复此过程5天
。每天的等分试样与50％的甘油以1：1的比例混合 ，并在-80°C下冷冻以供将来使用。通过PCR使用细胞甘油量作为模板评估CRISPR阵列扩展（指示适应） 。将PCR产物加载在2％琼脂糖凝胶中，在1×钠硼酸钠缓冲液中
，在180 V下运行30分钟，并用溴化乙锭染色
。 　　如前所述 ，测量了图2F中可视化的质粒清除率35。将来自CRISPR培养的适应测定法（甘油量）的细胞在1 mL的PBS中稀释（1：1,000）
，并使用BD LSRFortessa细胞分析仪（BD Biosciences）进行分析 。将阈值用于FSC和SSC来检测细菌细胞
。使用黄色 - 绿色激光器（561 nm）激发麦克利（MCHERRY），并用610/20 nm的带通滤波器检测到；使用BD FACSDIVA软件V.8（BD Biosciences）记录20,000个事件。使用FlowJo软件v.10.8.1（BD Biosciences）进行了随后的分析 。将细胞在SSC-A/SSC-H和SSC-A/FSC-A上门控 ，然后分叉（使用Bifurgate）进入MCHERRY+和MCHERRY-种群（扩展数据图6C）
。麦克利 - 细胞与总细胞的比率表示清除质粒的细胞比例。 　　我们构建了一个专用的生物信息学算法40
，用于以DNA序列查找SRU候选 。The algorithm is available as a python package (https://pypi.org/project/srufinder) and a conda package (https://anaconda.org/russel88/srufinder) and is available at Zenodo.该算法被描述为扩展数据中的示意图图7
。当疑问时，该算法使用17,823个非冗余CRISPR重复序列的数据库（https：//github.com/russel.com/russel888/srusel88/srufinder/srufinder/srufinder/blob/master/master/dataata/repeats.fass.fa）。重复序列是从CCTYPER62 Web服务器（v 。2020年12月）获得的 ，并在100％身份和覆盖范围内使用CD-HIT-ENV63进行了删除。首先
，使用prodigal64在元模式下预测开放式读取帧（ORF），并且从输入序列掩盖了所有置信度≥80％的ORF
。接下来 ，将重复序列与BlastN65对齐
，以= bastn--短，单词大小= 6 ，将重复序列与蒙版输入序列对齐。丢弃身份的匹配小于90％ 。此外，覆盖率≥90％的比赛被认为是完整的比赛
，而覆盖率在50％至90％之间的比赛被认为是部分匹配
。如果任何对齐都重叠，则只保留了最高得分的比赛。然后将100 bp之内的所有完整匹配聚集成阵列 ，这些重复被忽略为潜在的SRU 。此外
，如果部分匹配在孤立的完整匹配的100 bp之内，则如果两者之间的身份≥90％（Biopython pairwise2.align.Align.Align.Align.Global ，默认匹配/不匹配惩罚
，-1 upen/forta nestak nab gap惩罚，则无需罚款）66
。然后将剩余的电位SRU与侧翼100 bp对齐（Biopython pairwise2.Align.Align.Local ，默认匹配/不匹配惩罚
，-1打开/扩展间隙惩罚）。由于观察到爆炸错过了与查询的几个不匹配的重复差异，因此候选SRU显示了两个侧翼区域中的任何一个（身份大于70％）（100 bp） 被丢弃以确保SRU确实是孤独的 。然后 ，将其余的SRU用41.1的位得分阈值过滤
。This cut-off was set by running the algorithm on both intergenic (as described above) and intragenic (as above, but with ORF masking reversed) on the IMG/VR3 database39, and using recursive partitioning trees (rpart 4.1–15; ref. 67) to determine the best cut-off for distinguishing potential SRUs in intergenic regions (true candidates) from potential SRUs in intragenic regions（可能是假阳性匹配）。我们发现
，位得分≥41.1的比赛中有84.0％来自基因间区域，而匹配的23.9％ ，任何位得分来自基因间区域 。比特得分小于41.1的比赛中有84.6％来自基因内区域
。 　　使用来自GTDB的104,858高质量基因组（R95，2020/10/06;参考文献37）的104,858高质量基因组中的充满活力的1.0.1（参考文献68）提取预言
，该预言产生了437,636个基因组中69,688的预言。然后，Srufinder40与这些GTDB预言 ，PLSDB质粒数据库（27,939质粒基因组38）和IMG/VR3数据库（2,332,702病毒基因组39）进行运行 。根据IMG/VR3元数据提供的分类信息创建病毒树状图
，并在扩展数据中呈现图8a。Srufinder40也针对phaster数据库（65,668个预言和病毒基因组69），但这些SRU仅用于寻找实验验证的候选者
。可以在补充数据1中访问Srufinder40的过滤输出。 　　使用FetchMGS 1.2（https://github.com/motu-tool/fetchmgs）提取40个单子拷贝标记基因70 ，通过将基因调用40个单拷贝标记基因70来制作
，该基因的系统发育树是包含SRU的GTDB衍生预言 。然后将每个标记基因与MAFFT 7.310分别对齐（参考71），对齐串联 ，并使用FastTree 2.1.10（参考文献72）推断树
。用R-Package Castor版本1.7.2（Ref。73）在分辨率0.01的collapse_tree_at_resolution函数中折叠进化枝
，使用Rename_collapsed_nodes = true 。用Itol V.5（参考文献74）可视化树
。用CCTYPER 1.2.1（参考文献75）完成染色体中CAS操纵子的识别和亚型。为了确定SRU的亚型与染色体中任何CAS操纵子的亚型之间是否存在非随机关联，我们首先将分析限制在宿主具有任何CAS操纵子的SRU（即IMG/VR3命中率）中 ，鉴于缺乏已知的宿主联想
，因此排除了任何CAS操纵子 。对于此子集（GTDB预言中的170个SRU，总计188个） ，SRU中有82.9％的CAS在宿主中具有匹配亚型的CAS操纵子
。当置换SRU的亚型时，在1,000个排列中
，平均相关性为32.3％，标准偏差为2.7％。数据在扩展数据中说明了数据8b ，并在补充数据2中获得了带有CRISPR – CAS菌株的SRU序列的比对
，以及它们相应的共识CRISPR重复序列 。 　　为了确定RACR候选者是否与ACR基因共同分布，我们使用了通过参考文献中的机器学习预测的ACR基因
。76。仅考虑得分大于0.5的ACR 。将ACR蛋白序列与所有含有TBLASTN v.2.11.0+SRU的所有病毒和质粒基因组对齐（参考文献65）。仅保留与电子值≤0.01的匹配
。如果比赛是重叠的 ，则只保留了最高得分的比赛。为了确定SRU和ACR基因在遗传上的共同共同地位是否比随机共同共同存在
，计算了SRU 1 kb之内的ACR基因的数量 。然后将其与1,000个排列的相同统计量进行了比较，其中SRU在病毒或质粒基因组中的位置是随机的
。数据如图3C所示 ，一尾p值计算为： 　　图中指出了用于评估统计显着性的特定测试。统计分析的确切p值在补充表5中说明 。蛋白质纯化
，RNA分离和PAO1 :: I-C上的噬菌体感染测定分别是独立重复的两次
。小的RNA-seq，5'种族 ，共轭效率
，启动适应性和噬菌体感染测定，并在不同的ALA浓度下诱导RACR表达 ，用三个独立的生物学重复进行一次。所有其他噬菌体感染测定法进行至少三次重复 。 　　除非另有说明，否则在Microsoft Excel V.16
，Prism v.9.2.0（GraphPad），Snapgene V.7.0.2和Geneious Prime V.2022.1.1中进行了数据处理和可视化
。有关凝胶源数据 ，请参见补充图1。 　　有关研究设计的更多信息可在与本文有关的自然投资组合报告摘要中获得 。