A，使用平均均方根平均均方根波动（RMSF）的蛋白质主链柔韧性比较 ，沿Apo构象中酶的分子动力学模拟计算出的每个残基计算出的Cα原子 。RMSF链接到晶体学B因子（B） ，如下所示： 。红色箭头，β链；黑色矩形 ，α-螺旋；黄色矩形 ，野生型LCC的X射线晶体结构中的环（PDB ID 4EB0）；虚线，催化残基的位置。b，监测特征在于与模型底物2-HE（MHET）3中酶的分子动力学模拟过程中发生催化事件的催化距离的关键催化间距离 。右侧是催化三合会（残基S165（SER 165） ，H242（他的242）和D210（ASP 210））和2-He（MHET）3的表示 ，突出了三个相关的原子间距离（D1，D2 ，D3） 。这三个图显示了这三个距离在前30个ns的分布分子模拟的分布中 ，从2-He（MHET）3（表示为直方图和高斯核密度），从相同的初始构象开始。红色箭头显示催化丝氨酸在底物反应性中心的亲核发作过程中发生的变化。虚线的蓝线显示有助于催化机制的氢键 。这些图突出了2-He（MHET）3在变体ICCG中采用的催化生产状态 。对于D1和D2 ，观察到实质性变化。ICCG主要在催化生产状态附近采样构象（平均D1约为3.2Å；平均D2约为2.8Å） ，而野生型LCC显示出明显的双峰分布，主要构型分布中心 ，中心于较高的距离值 ，表明有效的效率较低 。总体而言，沿着这些酶的前30 ns与2-HE（MHET）3的复合物中的模拟 ，平均距离将底物裂解位点与催化丝氨酸分开 （S165）ICCG中的羟基氧比在父母LCC中短得多 ，这表明在催化过程中的共价中间体形成将得到促进 。C，在催化残基对之间发生关键的氢键（HB）。第三和第四列显示了快照的比例，其中在模拟的前30 ns中 ，在催化残基对S165/H242和H242/D210之间观察到Hb相互作用 。S165羟基氧与催化H242ε氮之间ICCG模拟中HB的发生较高的发生可以帮助通过H242抽象S165羟基氢 ，从而提高了这种变体的催化性能 。
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