没有使用统计方法来预先确定样本量。实验不是随机的，研究人员在实验和结果评估过程中并未对分配视而不见。
对于假病毒中和实验，利用了先前研究的相同样品2 。对于真实的病毒中和实验 ，在扩展数据表1中描述了样本 。所有收集均根据哥伦比亚大学机构审查委员会审查和批准进行的所有收集。所有参与者均提供了书面知情同意 。
抗体表示如前所述18 。简而言之 ，对每种抗体的V和V基因进行了优化和合成（Genscript），然后插入哺乳动物表达载体。使用聚乙基亚胺将这些质粒瞬时转染到EXPI293细胞（Thermo Fisher）中 ，并培养5天 ，然后使用Rprotein A Sepharose（GE）通过亲和色谱法纯化抗体 。REGN10933，REGN10987 ，COV2-2130和COV2-2196由Regeneron Pharmaceuticals ，BRII-196和BRII-198提供，由BRII Biosciences提供 ，CB6由B. Zhang和P. Kwong（NIAID）提供 。
从Thermo Fisher（目录数A14527）获得了EXPI293细胞 ，从ATCC获得VERO E6细胞（目录数字CRL-1586），HEK293T细胞从ATCC获得（目录CRL-CRL-3216） ，并从JCRB（CATALOG CRL-3216）获得了JCRB（CATAL jcrB）（CATALOG）。所有细胞均从身份验证的供应商那里购买 ，并在使用前视觉上确认形态 。所有细胞系测试了支原体阴性 。
如前所述，通过内部基因合成方法产生了变体SARS-COV-2峰值的峰值表达构建体2。通过测序确认构建体，然后根据制造商的说明 ，使用Lipofectamine 3000（Thermo Fisher）转染HEK293T细胞 。转染后24小时用完整培养基（DMEM+10％FBS+青霉素/链霉菌素）洗涤细胞 ，然后用RVSV-G-PSEDOTY型ΔG-荧光素酶（G*ΔGΔG-荧光素酶，kerafast）感染细胞 。感染后2小时对细胞进行全面洗涤 ，然后在5％CO2下在37°C下再孵育24小时。然后收集假病毒 ，并与抗VSV-G杂交瘤上清液在37°C（I1-杂交瘤，ATCC）中孵育1小时 ，以中和残留的RVSV-G。通过在96孔板中的完整培养基中连续稀释病毒 ，然后在37°C下在5％CO2下在37°C下与40,000个Vero E6细胞一起孵育约12小时，从而确定每个假病毒的滴度 。感染后 ，根据制造商的说明 ，使用荧光素酶测定系统（Promega）对发光进行定量，并用Spectramax I3X多模式微型读取器（分子设备）使用SoftMax Pro 7.0.2（分子设备）（分子设备）进行测量 ，然后通过比较与单独的细胞来确定滴滴孔 。将假病毒等分并存储在-80°C下 ，直到使用为止。
通过在完全培养基中串行稀释血清或抗体在96孔板中进行中和测定，分别从1：100稀释或10 µg ml-1开始，并在37°C下与假病毒一起与假病毒一起孵育1小时 。孵育后 ，将40,000个Vero E6细胞添加到每个孔中 ，并在5％CO2下在37°C下进一步孵育约12小时 。根据制造商的说明，使用荧光素酶测定系统对发光进行了定量 ，并使用Spectramax I3X多模式微型板读取器使用SoftMax Pro 7.0.2进行测量。与单独的细胞和单独的病毒对照孔进行比较 ，通过比较中和 。IC50值是通过在GraphPad Prism版本9.2中拟合非线性五参数剂量 - 反应曲线来计算的 。
SARS-COV-2变体D614G（GISAID：EPI_ISL_497840）和BA.2（GISAID：EPI_ISL_9845731）是从J.F.-W.C.，K.-Y.Y.Y.和香港大学微生物学系的同事。该病毒在VERO-E6-TMPRSS2细胞中传播 ，并在使用前通过下一代测序确认序列 。
将Vero-E6-TMPRSS2细胞在96孔板中在完整的培养基中播种 ，在37°C下在5％CO2下过夜，以建立单层 。第二天 ，在96孔板的DMEM+2％FBS中 ，在96孔板中以1：500的稀释开始将血清连续稀释，然后在37°C下与0.01 MOI的两种病毒MOI孵育1小时。之后 ，将混合物覆盖到细胞上 ，并在5％CO2下在37°C下进一步孵育约72小时 。然后在所有井中对细胞质效应进行视觉评估，并通过盲目控制未感染或感染的井来评估感染的阴性或阳性 。中和曲线和IC50值是通过将非线性五参数剂量响应曲线拟合到GraphPad Prism版本9.2中的数据来得出的。
有关研究设计的更多信息可在与本文有关的自然研究报告摘要中获得。
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希望本篇文章《SARS-COV-2 OMICRON SUBLINEAGES的抗体逃避特性》能对你有所帮助！
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